我國是微生物制藥生產大國，產品以抗生素類藥物、特別是原料藥為主，總體而言產業處于全球價值鏈低端，在國際上處于追趕狀態。“十一五”期間，國家將生物產業提升到產立國的高度，國家發展和改革委員會、科學技術部先后批準建立國家生物產業基地和火炬計劃特色生物產業基地近40個，微生物藥物產業進入加速發展階段。在政策的連續支持和引導下，到2010年，形成了以長江三角洲、環渤海地區為發展核心，珠江三角洲、東北等區域集聚的生物醫藥產業空間格局。“十二五” 期間，生物產業被確立為國家第三大戰略性新興產業。各省市分別推進出臺支持生物產業迅速發展的相關政策。在多種藥物在華專利相繼過期的背景下，政策紅利持續體現，我國微生物藥物產業實現了跨越式發展，基本形成環渤海、長江三角洲、粵港澳大灣區等三個大型生物醫藥集聚區。其中，長江三角洲地區基礎研究和產業技術創新能力突出，國際交流程度高，擁有最多的跨國生物醫藥企業。環渤海地區教育和臨床資源豐富，產業人力資源儲備充足，產業鏈基礎優勢較強。粵港澳大灣區市場體系成熟，流通體系發達，三地聯通，對外輻射能力較強。同時，東北，中部地區的河南、湖北，西部地區的四川等地在龍頭企業的帶領下也形成了區域特色快速發展的產業格局。
根據藥物綜合數據庫(PDB)顯示，我國抗生素總產量世界第一，在青霉素、鏈霉素和四環素等原料藥生產上擁有絕對優勢，新品種研發能力不斷提高，已在數十個產品上打破了歐美技術和市場壟斷，百余品種實現產業化， 形成了一批規模化的產業集團和完整的產業鏈。 行業在經歷了一個低谷期后，作為醫藥市場的重點產品，剛性需求巨大，國內市場疊加國外市場，仍將推動抗生素市場規模持續增長。
1. β-內酰胺類
抗生素市場中 β-內酰胺類份額最大，既包括原料藥，也包括中間體，其中頭孢菌素和青霉素類分別占世界抗生素市場的25%和20%。20世紀80年代，我國青霉素工業快速發展，后因產能過剩進入低谷。近10年來，頭孢類抗生素成為抗感染藥物的主力品種，發展十分迅速，頭孢孟多酯、頭孢呋辛鈉等新品種層出不窮，30余個頭孢品種成為臨床常用藥。7-氨基頭孢烷酸(7-ACA)、6- 氨基青霉烷酸(6-APA)和7-氨基去乙酰氧基頭孢烷酸(7-ADCA)等作為頭孢類藥物阿莫西林的核心中間體，也是當今國際抗生素市場的主角。總體來看，行業產能過剩較為嚴重，行業壁壘逐漸增高，“限抗”“限排” 政策促進產能出清，龍頭企業規模優勢凸顯，并正向下游發展。
2. 氨基糖苷類
氨基糖苷類抗生素是最早開發上市的抗生素之一，是作為治療革蘭氏陰性菌導致的嚴重感染的首選藥物，在臨床中有著不可替代的作用，如能有效抑制結核菌繁殖的鏈霉素，20世紀50年代初上市后很快就成為國際醫藥市場的暢銷產品。 繼鏈霉素及其衍生物之后，慶大霉素、新霉素、核糖霉素、卡那霉素、奈替米星、紫蘇霉素、巴龍霉素以及我國自 主開發的小諾霉素和依替米星等近20種氨基糖苷類產品相繼開發上市， 使氨基糖苷類成為抗生素家族成員最多的一類產品，但不可逆的耳腎毒性和日益嚴重的耐藥性極大地限制了該類抗生素的應用和推廣。為了進一步拓展氨基糖苷類抗生素的臨床應用，尋找抗耐藥、低毒性的衍生物已成為氨基糖苷類開發的重點。
3. 大環內酯類
大環內酯類目前主要有三代，第一代有紅霉素及其酯類衍生物，第二代有阿奇霉素、克拉霉素和羅紅霉素等，使用范圍廣，耐藥性逐漸顯現，第三代有泰利霉素、喹紅霉素等，毒性作用偏大。我國是半合成紅霉素原料藥的世界最大生產國和出口國，由于該類藥物缺乏新品的支撐，也受其他抗菌藥物市場的不斷沖擊，近幾年國際需求幾近飽和。但大環內酯類藥物在慢性呼吸疾病的抗菌治療中仍有重要價值。
4. 四環素類
四環素類抗生素是一類具有菲烷母核的廣譜抗生素，廣泛應用于細菌、支原體、衣原體和立克次氏體引 起的感染。我國是全球最大的四環素生年我國四環素衍生物及其鹽國內 供大于求，產量60%以上出口海外市場。隨著耐藥菌的不斷出現、四環素牙等不良反應和新型抗生素的誕生，四環素類藥物一度淡出臨床應用。歐美對我國該類產品的進口需求雖大，實際用于產業鏈低端，被大量用作動物生長促進劑。2001—2003年，歐盟“禁止抗生素作為飼料添加劑”的法令出臺，對我國藥企出口造成了巨大影響。2005年輝瑞等公司研發了第三代四環素替加環素、依拉環素等新的暢銷藥品，帶動了我國四環素原料藥新一輪出口熱。經過幾輪波動，我國的萬噸級四環素發酵基地主要位于西部地區。
新型病毒和疾病對人類健康帶來巨大威脅。自人類1898年首次發現病毒以來，已發現病毒的種類達4000多種， 正在肆虐全球的新型冠狀病毒更是持續給全人類帶來重大的生命和財產損失。世界衛生組織表示，這是一個面臨傳染病威脅的時代，沒有一個國家可獨善其身。對病原體和傳染病的研究要不斷跟進，應對公共危機的疫苗和藥物的研發更是刻不容緩，這就凸顯構建大數據平臺的重要作用。
設立微生物醫藥產業發展專項科技研發基金，增加科技投入，加強科技基礎平臺建設。組織國際領先的、融合型微生物相關的大科學裝置，構建微生物菌種庫、基因和蛋白質信息庫、生物靶標庫、化合物庫、合成生物技術元件庫等多層級共享模式的各類資源平臺，打造資源共享服務體系，重點支持微生物菌種庫等基礎設施以及生物醫學資源基礎設施的建設，建成大數據深度融合、產業應用深化的數據庫云平臺，具備智能分析能力的生物預測和設計能力，以大科學裝置拉動創新生態，實現微生物健康產業的彎道超車。
