質(zhì)譜信號強度與待分析物含量的關系，任何定量分析方法都需要建立實驗測量信號與待分析物的量的關系。很幸運的是，在質(zhì)譜中，通常也可以建立這樣的關系，因此質(zhì)譜信號是可以用于定量的。

　　關于“質(zhì)譜是怎樣做到定量的?”，我們不妨把質(zhì)譜信號的產(chǎn)生按時間順序粗略分為三個步驟，即離子的產(chǎn)生，傳輸與檢測。

　　產(chǎn)生離子時，不同樣品分子的電離通常是相互獨立的。因此樣品量越多，其產(chǎn)生的離子也就越多。目前常用的各種離子化方法(EI、ICP、ESI、MALDI等)在實驗中(嚴格來說僅在一定濃度范圍內(nèi))都至少滿足樣品量與產(chǎn)生離子量的正相關，一般情況下也可以進一步近似成線性相關。 傳輸離子時，簡單來說可以認為傳輸效率與被傳輸離子的量無關;(嚴格地說，被傳輸?shù)碾x子太多時，相同電荷的互相排斥會造成離子束的“體積”變大，導致傳輸效率下降。這種影響在空間有限的離子阱中表現(xiàn)得更加明顯，因此在離子阱質(zhì)譜中一個重要的技術就是適當控制進入儀器的離子數(shù)量，使其既不太少也不太多。) 檢測離子時，不論是使用光電倍增管的檢測器，還是檢測鏡像電流的檢測器(ICR/Oribtrap)，其信號強度(在一定范圍內(nèi))均與離子數(shù)量大致線性相關。

　　一般情況下我們看到的質(zhì)譜圖常用相對強度作為縱坐標，即0-100%最強峰，而不展示信號的絕對強度。但在做質(zhì)譜的時候，儀器記錄的當然是絕對強度(相對強度也是通過絕對強度換算出來的)。我們需要用絕對強度來定量時，就需要這部分平時不常看的信息了。

　　另外，在談到色譜-質(zhì)譜聯(lián)用方法時，待分析物與實驗測量信號的關系之中又多了一層色譜，即待分析物含量->色譜流出物中樣品含量->質(zhì)譜信號。與EI譜圖分析以相對強度為主不同，在色譜-質(zhì)譜聯(lián)用時，信號的絕對強度就成了我們天天都要關心的內(nèi)容，因為質(zhì)譜信號強度隨時間的變化就是實驗的色譜圖，通常以總離子強度或者某一特定質(zhì)荷比離子的強度作圖。

　　要實現(xiàn)質(zhì)譜定量分析一般有兩種方法。

　　1. 外標法

　　將待測物質(zhì)A的標準品(特點是純度非常高，有時也可稱之為該物質(zhì)的純品)用某種有機溶劑S稀釋成不同的濃度的標準溶液，分別取等量(一般是等體積)的這些不同濃度的標準溶液進行質(zhì)譜分析。由此可以得到一組樣品量和信號值一一對應的數(shù)據(jù)，以其繪制成的曲線稱為標準曲線。現(xiàn)在就有了一把還不錯的尺子，然后就可以去拿要檢測的實際樣品R進行質(zhì)譜分析了。根據(jù)標準曲線就可以由得到的信號值去反推物質(zhì)A在該實際樣品R中的含量了。

　　2. 內(nèi)標法

　　將已知量待測物質(zhì)A的同位素標記物I摻雜到實際樣品中去，然后進行質(zhì)譜分析。同位素標記物一般是利用H原子的同位素氘，即A里面的H在其同位素里都換成了氘，這樣通過A的化學式就能推算出，A和I的質(zhì)譜峰的差別也就知道了。根據(jù)兩者信號的比值和I的實際摻雜量就能推算出A的質(zhì)量。為什么選擇同位素標記物進行標定呢?原因就是因為兩者之間的各種物理和化學屬性非常接近，除了分子量的差別幾乎可以認為一模一樣，因此就可以排除由于樣品中基質(zhì)的干擾(離子抑制之類的)引起的誤差。值得一提的是這種情況在外標法里是無法避免的。

　　當然實際上為了簡化流程或者實在是不好找同位素標記物(實際上有大量的同位素標記物可以買到)，或者節(jié)省成本以及其他原因，往往采用其他不是同位素的物質(zhì)做標記物，當然標準還是要往物性相似上去貼的。這樣做出的定量結(jié)果，在一定程度上也是可以接受的。

　　科米代謝提供質(zhì)譜相關基礎信息，幫助我們對于實驗儀器有更深的理解。