無論是氣相色譜質譜儀，還是液相色譜質譜儀都是依靠色譜柱分離技術，把目標物和雜質分開，依次從色譜柱流出至檢測器，最終得到色譜圖。所以色譜柱的選擇對我們來說至關重要。
對于氣相色譜來說，現在用的最多是毛細管柱，根據柱內填料即我們所說的固定相不同，可分為非極性、中等級性、極性。比如我們在分析極性化合物時選擇聚乙二醇為固定相的色譜柱，即通常說的WAX固定相。色譜柱規格中柱長、內徑、膜厚，這些都是影響色譜出峰的因素。一般柱長越長、內徑小可得到較好的分離度。
圖一 氨基酸分析色譜圖
毛細管色譜柱的固定液分非極性、弱極性、中等極性和強極性,色譜柱固定液的極性越高,其溫度使用上限越低，隨柱溫的升高固定液流失程度也越大,選擇固定液的原則一般是能用極性低的則盡量不選用極性高的;柱長則能用短柱解決的就不用長柱;柱子極性和測定目標化合物極性相匹配。
液相色譜柱是微粒填料表面鍵合相，不同填料適應不同化合物的檢測。以硅膠為基質，通過化學鍵合方式把C18、C8、NH2等基團聯在基質上作為固定相。其優點是優點固定相穩定，不易流失、應用廣泛，可使用多種溶劑、消除硅羥基的不良影響。但是pH值不能小于2(鍵合相水解)，同樣填料各種牌號色譜柱也不盡相同。需要注意的是，pH值的大小也對色譜柱有關鍵的影響，pH值小于2時鍵合相水解，pH值大于8時硅膠溶解，所以選擇流動相時也要注意其pH值的大小。
目前C18色譜柱應用比較廣泛，其分離度同樣會受到柱長、填料等因素的影響。液相色譜柱的使用保存，對其壽命也有影響，需注意流動相有緩沖鹽時，要用低比例的有機相沖洗色譜柱過渡，避免鹽系流動相與純有機相直接接觸。再用有機溶劑沖洗并保存色譜柱。
因此，分析過程會受很多因素影響，選擇合適的色譜柱，才能達到理想的結果，也是我們分析過程中需注意的一個重要環節。
