在靶向檢測中通過有國家認可證書的標準物質，樣品上機與標準品比對，更準確的定性定量分析。非靶向檢測沒有具體的標準品參考，可利用面積歸一化法進行半定量。
代謝物鑒定必須以可靠性為前提，采用國際標準、嚴格的假陽性率控制、定性準確率評估、對比國際頂尖實驗室等方法，提高實驗準確度。非靶向代謝通過對樣品中所有離子峰的采集，最大程度的反映生命體外對外界刺激、病理生理變化、以及本身基因突變而產生的體內代謝水平的多元動態反應。目前我們主要用高分辨率的液質聯用設備檢測對數據進行分析。
在代謝組學數據中最為常見的標準化方法是基于QC(質量控制)樣本的數據標準化。簡單來說，就是將所要采集的所有樣本取等量混合起來，組成QC樣本，然后在采集數據的時候，每隔一定數量的樣品，插入一針QC樣本。因為QC樣本都是一樣的，因此可以用QC樣本來模擬數據采集過程中信號的變化。得到數據之后，對每一個峰，都將QC作為訓練集，然后建立預測模型，預測信號變化，從而對樣品中的信號進行校正。現在一般都是基于QC樣品作為數據標準化的首選方法。
與基因組學和蛋白質組學相比，代謝組學的研究側重于相關特定組分的共性，最終是要涉及研究每一個代謝組分的共性、特性和規律，目前據此目標相距甚遠。盡管充滿了挑戰，研究人員仍然堅信，與基因組學和蛋白質組學相比，代謝組學與生理學的聯系更加緊密。 疾病導致機體病理生理過程變化， 最終引 起代謝產物發生相應的改變，通過對某些代謝產物進行分析，并與正常人的代謝產物比較，尋找疾病的生物標記物，將提供一種較好的疾病診斷方法。
代謝組學研究人員已經對此進行了研究。新生兒是否缺失酶基因可以在出生時就檢測出來。可檢測出包括涉及合成途徑中的基本成分(如氨基酸)的酶。酶缺失的結果就是相應的代謝產物過少或過多。苯丙酮尿癥(PKU)是一種常見的嬰兒疾病。這種疾病是由于缺失將苯丙氨酸水解成酪氨酸所必須的苯丙氨酸水解酶基因，導致血液中苯丙氨酸累積造成的。若是不能及時檢測出這種天生的代謝缺乏，在嬰兒出生后九個月內就會引起無法挽救的大腦損傷。這種疾病通過簡單的血樣和尿素化驗就可以確診。而血樣和尿素化驗以后也將成為代謝指紋研究方法的一部分。像苯丙酮尿癥那樣的疾病，研究人員正試圖從疾病的生物化學基礎著手，而不是僅僅檢測生物標記物。他們希望通過代謝組學，可以找到更好的方法去治療這些疾病。
有專家表示“代謝組學還只是在初生階段”，如果我們能夠了解代謝產物的 5-10%就很幸運了。若是這樣考慮的話，現實就是，我們對這些分子的作用仍然一無所知。但是，相信隨著其方法的不斷完善和優化，代謝組學研究必將成為人類更高效、準確地診斷疾病的一種有力手段。
